Je dis surtout qu'il est important de bien comprendre ;-)

Théoriquement la couche infrarouge n'a aucune incidence sur les trois couches RVB de ton fichier, en tout cas je n'imagine pas comment elle pourait en avoir. A priori elle ne peut être utilisée que par leur logiciel pour l'appliquer comme filtre anti-poussière ICE.
On peut déjà très bien ajouter des couches supplémentaires dans un fichier Photoshop, par exemple pour y stocker des sélections, sans que ça influe sur les canaux principaux, c'est un peu comme une couche alpha.

Je ne pige pas pourquoi le mode 48 bits couleurs tout court est grisé dans ta capture de la palette de Silverfast ? Ce mode devrait te permettre de scanner normalement ton film en 16 bits/couche sans te fader la couche infrarouge.

As-tu essayé avec le pilote Epson en mode avancé (aucune idée de comment il s'appelle et ou on le trouve), qui te permet de tout choisir, désactiver les automatismes, et donc de tester le scann RVB 16 bits/couche ?